2019年10月1日,5-羟甲基化胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在糖尿病研(yán)究领域取得重要进展。2型糖尿病(bìng)(T2D)的血管并发症是(shì)导致2型(xíng)糖尿病致残致死的重要病(bìng)因,一(yī)直缺(quē)乏一种无创便捷的临床(chuáng)途径(jìng)实现血管并发症的(de)发(fā)生(shēng)发展监测,达到早(zǎo)发现、早干预,以提高T2D病人的整体(tǐ)生活质(zhì)量,减少卫生(shēng)经济负担(dān)。
该(gāi)研究入组了62例2型糖尿(niào)病(bìng)病人(rén),采用(yòng)5hmC-Seal技术对血(xuè)浆cfDNA中表(biǎo)观遗(yí)传标志物5hmC的分布情况进行检测,分析(xī)5hmC标志物与2型糖尿(niào)病血管并发症(zhèng)发(fā)生发展的相关性(xìng)。结果表明5hmC标志物的变化与T2D合并大血管(guǎn)/微血(xuè)管事件具有相关性(xìng),主要涉及一些与血管生物学和糖尿病(包括胰岛素耐受和炎症(zhèng)反(fǎn)应)相关的基因和(hé)信号通路。该研究建立的16个基因-5hmC标志(zhì)物组合检(jiǎn)测可以准确(què)区分有并发(fā)症和无(wú)并发症的2型糖尿病病人[实(shí)验组(zǔ):AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显优于传统临床变(biàn)量例如白蛋白尿(niào)。除此之外(wài),还建(jiàn)立了13个基(jī)因-5hmC标志物组合检测,可以进一(yī)步区分T2D合并单一并(bìng)发症和多种并发症[实验组:AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样(yàng)明显优于其他传统临(lín)床(chuáng)变(biàn)量。该研究得(dé)出结(jié)论,5hmC标志物反映了T2D病人大血管(guǎn)/微(wēi)血(xuè)管(guǎn)并发(fā)症发生过程中的(de)表(biǎo)观遗(yí)传变化(huà),因而5hmC-Seal检测技(jì)术(shù)在监测(cè)糖尿病血管并发症发生(shēng)和进展方面具有(yǒu)良好的临床应用前景。
试验设(shè)计(jì)
本研究共纳(nà)入62例2型糖尿(niào)病(bìng)病人,包(bāo)括没有血管并发症(zhèng)的病人12例,有单一血管并发症的病人34例(lì)(24例发生大(dà)血管事件,10例(lì)发生(shēng)微血管事件),以(yǐ)及有多种血管(guǎn)并(bìng)发症(zhèng)的(de)病人16例。试验(yàn)收集62例病人血浆(jiāng),提取cfDNA,利用5hmC-Seal技术捕获外(wài)周(zhōu)血(xuè)cfDNA中(zhōng)的5hmC序列,进行二代测序,通过生物信息学分(fèn)析(xī)找出并发症组与无并发症组之间(jiān)有显著(zhe)5hmC修饰差异的(de)基因(yīn),单一并发症组和(hé)多种并(bìng)发(fā)症组之间有显著5hmC修饰差异的基因。随后利用回归模型对差(chà)异基因进一步筛选、优化,弹(dàn)性网络进(jìn)一(yī)步筛(shāi)选,计(jì)算加权平均分,最后得到(dào)一(yī)组具(jù)有高度灵敏度和(hé)特异性的5hmC生物标记物,并进一步(bù)在实验组中验证,分析其灵敏(mǐn)度和特异性(xìng)。并将新建立(lì)的5hmC标志物基因组合的(de)检测(cè)性能与传统临床变量进行对比分析。最后对相关基因进行了(le)信号通路分析和功能探究。
5hmC修饰水平与血管(guǎn)并发症具有相(xiàng)关性
利(lì)用逻辑(jí)回(huí)归模型对62例(lì)有并发症和无并发症2型糖尿病病人的5hmC差异水平(píng)进行(háng)分(fèn)析发现,有并(bìng)发症2型糖尿(niào)病病(bìng)人的622个差异修饰(shì)候(hòu)选基因(包括上调和下调基因)的(de)归一化平均数要明显高(gāo)于无并发症(zhèng)的病人(P<0.001),但是单一(yī)并(bìng)发症(zhèng)和多发并发症病人之(zhī)间(jiān)没有显著差异。
之后将(jiāng)有(yǒu)单(dān)一(yī)并发症(zhèng)或多种并发症的50例病人用逻辑回(huí)归模型进行了对比,发现多(duō)种并发症的病人的153个差异修饰候选基(jī)因(包括上调和下调基因(yīn))的归(guī)一化平均数要低于无并发(fā)症(zhèng)病人(P<0.001)。
5hmC标志物可区分有无并发(fā)症患者(zhě)
62例(lì)2型糖尿病病人被随机分(fèn)成训练组(n=31)和测试组(zǔ)(n=31)。利(lì)用弹性网络筛选后发现,16基因-5hmC标(biāo)志(zhì)物组合(hé)检测可以用于区分有(yǒu)并发症和无并发症的2型糖(táng)尿病病人。
基于16基(jī)因组合模型 (Detection Model 1) 的加权平均分分析,发现无(wú)并(bìng)发症病人(rén)的分(fèn)数在训(xùn)练集和测试(shì)集中都明显低于(yú)有并发症(zhèng)的病人。只考虑加权平均分的话,受试者工作(zuò)特(tè)征曲(qǔ)线(ROC)分析表明将cutoff值设置成0.5时,在测试组中中的灵(líng)敏度(dù)为60%,特异性为100%。 5hmC标(biāo)志物可(kě)区分病人(rén)是单一并(bìng)发症还是多种并发症(zhèng) 50例有并发症的(de)2型糖尿(niào)病病人(rén)被(bèi)随机分成训练组(n=25)和(hé)测(cè)试组(n=25)。利用弹(dàn)性网络筛选后发现,13基因-5hmC标志物组合(hé)可以区(qū)分2型糖尿病病人是否发生(shēng)单一并(bìng)发症(zhèng)或多(duō)种并发(fā)症。 基(jī)于13基(jī)因组合模型 (Detection Model 2), 我们计(jì)算了单一(yī)并(bìng)发症和(hé)多种并发症(zhèng)的(de)加权平均(jun1)分,发现在训练集和测试集(jí)中单一并发症和多种并发症病人的分数都(dōu)有明(míng)显差异(yì)。值得一提的(de)是,有(yǒu)肾病并发症和无肾病并发症病人的分(fèn)数也有明(míng)显差异。利用加权平均分作为判断标准的受试者(zhě)工作特征曲线(xiàn)(ROC)表明(míng),在测试组(zǔ)中(zhōng)当将cutoff值设成0.69时,灵(líng)敏度为87.5%,特异性(xìng)为68.8%。 5hmC标志物与传统临床变量/危险因子(zǐ)的对(duì)比 我们评估了不(bú)同临(lín)床变量/危险因子用(yòng)于监测血管并(bìng)发症的灵敏度和特异性(见(jiàn)表1)。
总体来(lái)说,结果表明一些临床变量(如尿液白蛋白、血清ALT、AST、肌酐、GGT、脂蛋白a)虽然具有一定的灵敏度和特(tè)异(yì)性,但是整(zhěng)体准确度仍然(rán)差强(qiáng)人意,因(yīn)此临床需(xū)要更(gèng)加(jiā)准确的方法。另外,我们还(hái)在(zài)训练组中建立5hmC和(hé)不同临床(chuáng)变量的多变量(liàng)组合模型进行评估(gū),该模(mó)型(xíng)加(jiā)权(quán)平均分的AUC要明显大于传统临床(chuáng)变量的AUC。若将这些临(lín)床变量与加权平(píng)均(jun1)分进行结合,AUC也将进一步提高。因(yīn)此(cǐ),该(gāi)多(duō)变量模型表明加权平均分可作(zuò)为一个独立的指标用于监测2型糖(táng)尿病血管并发症(zhèng)。
信号通路分析和功能探(tàn)究 有(yǒu)并发症和无(wú)并发症病人的135个差异候选基因的功能注(zhù)释分(fèn)析表明,这(zhè)些基因(yīn)主要富集在一些经典的信号通路。错误发(fā)现率相(xiàng)关P值位于前10%和基因数目≥3的信号通(tōng)路(lù)包括由IGF1R, IL-10和FGFR2所(suǒ)介导的信号通路。由IGF1R和(hé)IL-10介导的信号通(tōng)路与胰岛素抵抗(kàng)及炎(yán)症反应相关(guān),在血管生(shēng)物学和糖尿病(bìng)发生发展过程中发挥重要作用。 Reactome相互作(zuò)用(yòng)网络的中(zhōng)心表明,泛(fàn)素编码基因(yīn)[泛素B (UBB),泛素C (UBC),泛素(sù)A-52亚基(jī)核糖体蛋白融合产物1(UBA52)]是(shì)候选(xuǎn)基(jī)因(如SMAD3, FOXD2, DRAP1, MCIDAS, MLN, PIANP和TBCC)的重要连接者。在这135个(gè)差(chà)异(yì)候(hòu)选基因中, 一些基因 (如TNFRSF25,P=0.027, HR=6.25; MLN, P=0.0021, HR=20.40; CCL3L1, P=0.018, HR=0.44)表现出与糖尿病病程相(xiàng)关的(de)倾(qīng)向,表明5hmC和(hé)糖尿(niào)病血管并发症之间可能存在时间依赖性的相互作用。基(jī)于纵向时(shí)间队列的大(dà)样本(běn)研究,将可进一步明(míng)确5hmC变化和糖尿病持续时间(jiān)之间的动态关联。关于单一并发症和(hé)多(duō)种(zhǒng)并发症病(bìng)人(rén)的159个候选标志基因的功能(néng)注释研究发现(xiàn),存在(zài)细胞-细胞连(lián)接、胶原蛋白(bái)形(xíng)成、新陈代谢、细胞应激应(yīng)答信(xìn)号通路的富集,这些(xiē)信(xìn)号通路均与细胞基本功能(néng)密切相关。 研究意义 血(xuè)管并发症是三分之二糖尿(niào)病(bìng)病人的死亡原(yuán)因,若能及早(zǎo)有(yǒu)效控(kòng)制血管并发症的发生,将极大地改善糖尿病病人的生存质量。该研究建立了(le)一种利用cfDNA进行2型糖尿病(bìng)血管并发症监测(cè)的无创便捷方法,较(jiào)目前临床标志物能(néng)更准确地监控血管(guǎn)并发症(zhèng)的发生,从而提示临床及早(zǎo)采取应对措施,有效控制病情(qíng)进展。
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